ファイルパーミッションを含めたバージョン管理をする場合は etckeeper を使うしかなさそうだ

etckeeper は本来は /etc 以下を簡単にバージョン管理してくれるツールのようだが、-d オプションを使うことで /etc 以外のディレクトリも管理対象とすることができる。