テンプレートの「ファイルへのリンク」に登録したパスが保存されている場所

mt_templateテーブルのtemplate_linked_fileフィールドに保存されている。mt_templateテーブルにはブログIDも含まれているので、パスの調整を行えばどこからも参照されていないテンプレートファイルを検出できるはずだ。